Como parte de un esfuerzo mundial para combatir el nuevo coronavirus, el desarrollador de software NVIDIA anunció que dará acceso gratuito por 90 días a su programa Parabricks a investigadores en todo el mundo.
Parabricks es un sistema que permite análisis del genoma, por lo que puede ser una herramienta para comprender el nuevo coronavirus y ayudar a la pronta producción de fármacos y vacunas para su tratamiento.
El software está basado en el estándar industrial “Genome Analysis Toolkit”. Parabricks usa GPU para acelerar el análisis de los aproximadamente 3.1 mil millones de bases de la secuencia de ADN, hasta 50 veces más rápido, reduciendo el tiempo de espera a menos de una hora en un solo servidor.
Para los investigadores que trabajan con datos de lectura larga de Oxford Nanopore, un repositorio de herramientas aceleradas por GPU está disponible en GitHub. Además, las siguientes aplicaciones ya tienen incorporada la aceleración de GPU NVIDIA: Medaka, Racon, Raven, Reticulatus, Unicycler.
Los investigadores están secuenciando tanto el nuevo coronavirus como los genomas de las personas afectadas con COVID-19 para comprender, entre otras cosas, la propagación de la enfermedad y quién es el más afectado. Pero analizar secuencias genómicas requiere tiempo y potencia informática.
